김완규 의원은 연구원이 2025년 2월 제출한 보고서에 자원순환과·식약처·농수산진흥원 등 타 기관 수행 업무를 자체 실적처럼 기재한 점을 문제 삼고, 자료 요구 시 “우리 소관이 아니다”라며 회피한 것은 “의회를 기만하는 행위”라고 비판했다.

또한 ‘유통·다소비 농산물 검사 620건’ 등 목표치를 실적처럼 기재한 사례를 지적하며 “목표·실적을 명확히 구분하도록 보고 시스템을 전면 개선해야 한다”고 요구했다.

더불어 연구원이 연간 3만여 건의 감염병 검사를 수행하면서도 검사별 평균 단가를 제시하지 못한 점도 문제로 꼽았다. 김완규 의원은 “근거 없는 예산 편성은 구태”라며 정확한 단가 산출 체계를 마련할 것을 촉구했다.

아울러 연간 486명에 달하는 HIV 양성자에 대한 치료·관리 연계 현황조차 파악하지 못한 채 ‘질병청 소관’이라고만 답변하는 칸막이 행정을 비판하며, “발견–통보–치료–관리까지 이어지는 양성자 추적관리 시스템 구축이 필요하다”고 강조했다.

김완규 의원은 “보고 방식과 자료 기준이 해마다 달라 일관성이 없다”며 주관기관·협력기관의 명확한 표기와 보고체계 표준화를 주문하고, “행정사무감사는 기관을 공격하기 위한 것이 아니라 시스템을 바로잡아 도민 안전 기반을 강화하는 과정”이라며 종합감사 전에 문제된 항목을 정리해 제출할 것을 당부했다.